De 1934 à 1978, la direction de l’hôpital est assurée par les diaconesses de St-Loup et de nombreuses sœurs se succèdent pour assumer les nombreuses tâches inhérentes à la bonne marche d’un établissement hospitalier. Petit à petit, le nombre de lits, de médecins et de collaborateurs augmente et c'est en 1978 que l'hôpital devient une fondation indépendante. Les dernières sœurs de St-Loup quittent quant à elles l’hôpital en 1981.

A noter, en 1962, la signature d’une convention franco-suisse permettant aux frontaliers de Bois d’Amont de se faire traiter et hospitaliser à l’hôpital de la Vallée. Cette convention existe encore à ce jour.

Au fil des années, l’hôpital subit plusieurs phases de rénovation, dont la dernière entre 2002 et 2005 donnera à l'établissement des locaux et des couleurs agréables à vivre.

L'environnement économique et la politique sanitaire de l'Etat de Vaud conduisent l’hôpital de La Vallée à fusionner, dans un premier temps, avec l’hôpital de St-Loup/Orbe, créant ainsi le resHO dès le 1er janvier 2000 puis, dans un deuxième temps en 2005, avec ceux d’Yverdon et Chamblon, donnant naissance aux Etablissements Hospitaliers du Nord Vaudois (eHnv), tels que nous les connaissons aujourd’hui.